Para copiar un directorio a otro, y sobrescribir los archivos debemos utilizar el parámetro -f
En función de la distribución que utilicemos es posible que no funcione el parametro -f, esto es debido a que existe definido un alias para el comando cp que sobrescribe el parámetro -f
Para ver los alias del sistema ejecutar el comando alias:
#alias
alias cp='cp -i'
Podemos eliminar el alias si queremos evitar que pregunte siempre con el comando:
#unalias cp
O ejecutar el comando con comillas simples, de esta manera no omite el alias
#cp -Rf origen destino
Fuente:
trucoslinux.es